船员证办理流程如下：
准备好相关材料。个人亲自填海员证申请表、船员服务簿、国际航行船舶船员适任证书或任职能力证明文件、申请人近期电子证件照片、在当地公安机关出具的法律、行政法规规定的禁止公民出境的情形的证明。
在当地医院开具有效的船员体检合格证明。
带着以上资料前往当地的签发机关就可以办理海员证。